Die St. Stephanus Kirche liegt südöstlich der Kirche des Bischofs Sergius und einen Meter höher als diese. Sie ist über einem älteren Bauwerk errichtet worden. Ein kleiner Teil eines darunter liegenden Mosaikbodens ist unter der Basis des Altars entdeckt worden (auf diesem Foto zu sehen).

Sie wurde im Oktober 785 vollendet, in der Amtszeit von Bischof Sergius II., zu Ehren des Heiligen Stephanus unter der Aufsicht des Diakons Johannes, der "Vorsteher der Mefaaiten" war, und in Kooperation mit allen Menschen von Kastron Mefa'a, "die Christus lieben".

Der Reichtum an Inschriften und die hohe Qualität des Mosaikbodens machen die St. Stephanus Kirche zu einem der bedeutendsten archäologischen Denkmäler Jordaniens. Die Mosaike sind ein guter Beleg für eine blühende christliche Gemeinschaft in der Region, die als Teil des Bistums Madaba auch im veränderten politischen Kontext unter der Herrschaft der Umayyaden und sogar der Abbasiden noch gut organisiert war.