Der Boden der Krypta liegt ca. 4,40 m unter der obersten Treppenstufe. Für den Bau wurden Werkstücke von älteren Gebäuden vornehmlich aus Basalt verwendet und angepasst, so z.B. die Säulen mit korinthischen Kapitellen. In der Stützwand sind Quader von den Rundtürmen des Tiberias-Tors vermauert.

In der halbrunden, mit Mosaiken ausgelegten Apsis gibt es drei breite Öffnungen als Zugänge zum Heiligengrab im Zentrum. Die architektonische Struktur und zahlreiche gefundene Tonlampen belegen, dass dies eine Wallfahrtsstätte war, die bis ins späte Mittelalter zugänglich gewesen ist.

An dem prominenten Ort bestatteten Angehörige der christlichen städtischen Elite vom 4. bis etwa Mitte des 5. Jahrhunderts ihre Verstorbenen. Ein von Thomas M. Weber geleitetes Ausgrabungsteam fand 1987/88 neben drei ausgeraubten Gräbern elf weitere intakte, alle in rechteckigen, mit Steinplatten verschlossenen Schächten im Boden. Michele Piccirillo hob und restaurierte ein Inschriftenmosaik mit den Namen der Verstorbenen über Grab 6, das sich jetzt im Museum von Gadara befindet. Dort kann auch die steinerne Eingangstür des Hypogäums besichtigt werden, die hölzerne Vorbilder imitiert. (Fotos der Tür und des Mosaiks in der Bildreihe oben).