Zwischen 1868 und 1882 wurde die Fassade nach Entwürfen des franziskanischen Architekten Luis Giorgi renoviert. Das italienisch geprägte Gebäude ist mit Girlanden, Blumen, Inschriften, Wappen und blinden Fenstern verziert. Jeder der drei von ionischen Doppelsäulen eingerahmten Eingangsbögen hat einen drapierten Stuckvorhang, der den Höhenunterschied zwischen den äußeren und inneren Bögen ausgleicht. Die Säulen und Bögen der zweiten Ordnung haben korinthische Kapitelle. Ganz oben an der Fassade in der mittleren Attika ist das Wappen des Franziskanerordens zu sehen. Es zeigt eine Hand Jesu und eine Hand des Heiligen Franziskus über den Wolken, beide mit den Wundmalen der Nägel, mit denen Jesus ans Kreuz genagelt wurde.

Auf dem kleinen Platz vor der Fassade steht das Denkmal des Heiligen Franz von Assisi, 1926 von dem italienischen Bildhauer Tonini geschaffen.

Der imposante, 54 Meter hohe Glockenturm wurde 1877 von dem Schweizer Architekten Francisco Righetti nach einem Entwurf des Deutschen José Enrique Teodoro Rauch erbaut. Er besteht aus vier übereinander gestaffelten Körpern mit einer quadratischen, sich nach oben verjüngenden Basis sowie dorischen, ionischen, korinthischen und gemischten Säulen. Jeder Korpus hat eine umlaufende Balustrade mit zinnenartigen Vasen an den Ecken.

In der Kirche wird die erste Glocke des Turms aufbewahrt, die so genannte "Glocke der Heimat", die aus der Bronze der Kanonen der Schlacht von Salta gegossen wurde, in der die Armee des Nordens unter dem Kommando von General Manuel Belgrano 1813 die spanischen Truppen besiegte.

Das einzige Schiff des Kirchengebäudes hat ein Tonnengewölbe. Über der Vierung ragt die zentrale Kuppel auf Hängezwickeln und Tambour (Trommeln) empor. Sie stammt aus dem 18. Jahrhundert und gilt als "kleine Schwester" jener in der berühmten Kathedrale von Córdoba. Beide schuf Fray Vicente Muñoz. Eine kleine Kuppel mit einer Laterne bildet den Abschluss der großen Kuppel.

Die Verzierung der Kuppel und des Gewölbes, die stilistisch mit der Außenverzierung übereinstimmt, ist ein Werk von Pater Luis Giorgi. Der Innenraum der Basilika gipfelt in einem Hochaltar aus farbigem Marmor. Pater Giorgi schuf auch das Altarbild im Stil der Neorenaissance an der Stirnwand.

Das Kloster entstand zur selben Zeit wie Kirche wurde und im Laufe der Zeit mehrfach umgebaut. Seine Erweiterung um den prächtigen Kreuzgang erfolgte um die Mitte des 18. Jahrhunderts.

In den alten Zellen befindet sich das Museum für sakrale Kunst "Fray Luis Giorgi", das bemerkenswerte Stücke beherbergt, die von den Brüdern jahrelang aufbewahrt wurden. In den ersten Sälen sind Möbel, Musikinstrumente, Silberwaren, liturgische Gegenstände und Bilder aus dem 18. und 19. Jahrhundert sowie Kunstwerke aus Cuzco und den indigenen Missionen zu sehen.

In den Gewölben der Galerie zeigen Wandgemälde Szenen aus dem Leben des Heiligen Franz von Assisi. Der deutschen Maler Franz Luscher schuf sie 1946 und ließ dafür Personen aus dem Kloster als Modelle posieren.

Der zweite Teil des Besuchs führt in den ersten Stock und die hohen Gänge der Kirche zu einem historischen und erlebnisreichen Rundgang. Dort sieht man Artefakte und alte Fotografien, Gründungsprotokolle, Werkzeuge aus den verschiedenen Werkstätten des Klosters, Gegenstände aus der Kerzen- und Hostienfabrik, Druckelemente von La Voz Seráfica (einer franziskanischen Zeitung), Räume mit Wandfotografien in einer Installation, die den franziskanischen Missionen entlang der Route 34 nach Bolivien gewidmet ist. Man kann auch den Raum sehen, in dem der Architekt und Bildhauer Fray Luis Giorgi gearbeitet haben soll, denn an den Wänden sind Skizzen der Dekorationen der Basilika.

Das Kloster beherbergt auch eine außergewöhnliche Bibliothek und ein Archiv mit mehr als fünfzehntausend Bänden, die von Pater José Tito Collalunga (1896-1981), der von 1925 bis zu seinem Tod als Bibliothekar tätig war, sorgfältig geordnet wurden. Viele dieser Werke sind sehr wertvoll, darunter eine Abhandlung über Astronomie aus Venedig aus dem 15. Jahrhundert. Im Archiv werden sehr wichtige historische Dokumente aufbewahrt.